Forensic Genomics
ForenSeq Imagen Kit
커뮤니티에서 승인된 SNP를 사용하여 외모 및 생물지리학적 조상을 추정할 수 있습니다.
특징
• 하나의 플레이트에서 최대 96개의 라이브러리 동시에 준비
• Unique Dual Index (UDI)를 사용하여 짧은 앰플리콘을 생성함으로써 품질이 저하되고 낮은 양의 샘플에서 DNA 프로파일을 극대화하도록 설계
• PCR inhibitor에 높은 저항성이 있는 버퍼
• 기존 및 미래의 지역 규제에 기반하여 특정 DNA 특성을 조사하기 위한 두 종류의 프라이머 세트
• DPME : 피부, 머리카락, 눈 색깔 등 외부에서 볼 수 있는 특성 (external visible characteristics, EVC)을 예측하기 위한 SNP 타켓 증폭
• DPMF (Geo) : DPME에 있는 EVC 예측 및 생물지리적 조상 (BGA) 마커를 예측하기 위한 SNP 타겟 증폭
| eature | Details |
| Sample type | Extracted gDNA from a range of common forensic sample types: buccal swab lysate, bones, blood, teeth and FTA card |
| Recommended input for gDNA | 32 pg–1 ng per sample |
| Recommended input for FTA card punch | 1.2 mm per sample |
| Recommended multiplexing capacity | 8–96 libraries per run |
| Number of primer mixes | 2: DPME and DPMF (Geo) |
| Primer mix content | DPME: 22 hair SNPs, 6 eye color SNPs, 36 skin color SNPs and 14 Y-SNPs (total of 55 SNPs) DPMF (Geo): 22 hair SNPs, 6 eye color SNPs, 36 skin color SNPs, 56 BGA SNPs and 14 Y-SNPs (total of 111 SNPs) |
| Short amplicon detection | High concentration of markers <150 bp |
| Total library prep time | 7 hours and 15 minutes |
| Hands-on time | 1 hour and 30 minutes |
| Total sequencing time | ~18 hours with the Verogen MiSeq FGx Reagent Micro Kit |
두 프라이머 세트 모두 머리 색깔 추정을 위한 22개의 SNP, 눈 색깔 추정을 위한 6개의 SNP, 피부색 추정을 36개의 SNP 마커까지 총 41개의 SNP를 포함하며, 일부 SNP는 둘 이상의 표현형에 공통으로 포함되어 있습니다. 두 프라이머 세트 모두 14개의 Y-SNP를 포함하므로 생물학적 성별을 확실하게 추정할 수 있습니다. 또한 생물지리학적 조상 추정을 위한 56개의 SNP가 프라이머 세트 중 하나에 포함되어 있으므로 필요에 따라 선택해서 실험이 가능합니다.
| SNP category | Number of markers | Amplicon size range (bp) | Included in DNA primer | |
| Mix E | Mix F | |||
| Y-SNPs* | 14 | 88-130 | Yes | Yes |
| Phenotypic SNPs | 41 | 69–227 | Yes | Yes |
| Hair color | 22 | 92–227 | Yes | Yes |
| Eye color | 6 | 73–119 | Yes | Yes |
| Skin color | 36 | 69–213 | Yes | Yes |
| Biogeographical** ancestry SNPs | 56 | 67–200 | No | Yes |
* 4 SNPs overlap across eye, skin and hair color phenotypes; 13 SNPs overlap across hair and skin color phenotypes; and 2 SNPs overlap across eye and skin color phenotypes.
** Only available in the EVC+BGA SNP panel (DPMF-Geo).
• 워크플로우
애플리케이션
Forensic DNA Phenotyping (FDP)는 범죄 현장의 DNA 흔적을 통해 외적인 특성을 예측할 수 있습니다. FDP 분석은 표준 DNA 프로파일링이 식원확인 정보를 제공하지 못하는 경우 알려지지 않은 용의자에 대한 정보를 제공하여 경찰수사에 도움이 될 수 있습니다.
소프트웨어
Verogen ForenSeq Imagen Kit 는 Universal Analysis Software를 사용한 분석에 최적화되어 있습니다. UAS에서 만든 SNP 리포트는 HlrisPlex-S web application에 업로드할 수 있습니다. 복잡한 통계정보를 쉽게 해석할 수 있도록 HlrisPlex-S web application의 보고서는 UAS 데이터 서버의 Imagen-HlrisPlex-S 분석 툴 (I-HAT) 애플리케이션에 의해 해석 될 수 있습니다. I-HAT는매크로는 typed SNP와 관련된 예측 및 확률을 요약하여 사람이 읽을 수 있는 보고서를 생성합니다.